ณปภาเป็นบุตรของเชษฐา ตันตระกูล กับอดีตภรรยาที่เลิกรา[2] แต่ได้รับการเลี้ยงดูจากมิตร ตันตระกูล กับจุฑาพัชร์ ฤกษ์เกษมสันต์ ซึ่งเป็นปู่และย่า[1] เธอจึงเรียกพ่อแท้ ๆ และพี่น้องของพ่อว่าพี่มาตลอด[3][4]

ณปภามีเชื้อสายปากีสถานและเชื้อสายจีนไหหลำจากปู่ ส่วนย่ามีเชื้อสายจีน[5] มีศักดิ์เป็นหลานอาของจิรายุ ตันตระกูลซึ่งเป็นนักแสดงเช่นกัน[6] แต่เดิมเธอนับถือศาสนาอิสลาม[7][8] แต่ก็พบว่าเธอตักบาตรแบบชาวพุทธด้วย[9] ภายหลังเธอกล่าวว่าปัจจุบันเธอนับถือศาสนาพุทธตามย่า แต่อนาคตอาจเปลี่ยนไปนับถือศาสนาอิสลาม[10]

ณปภาสำเร็จการศึกษาชั้นประถมศึกษาจากโรงเรียนสารสาสน์เอกตรา ระดับชั้นมัธยมศึกษาจากโรงเรียนสตรีวัดมหาพฤฒาราม และสำเร็จการศึกษาระดับปริญญาตรีจากวิทยาลัยนานาชาติ มหาวิทยาลัยกรุงเทพ คณะบริหารธุรกิจ สาขาภาษาอังกฤษเพื่อธุรกิจ เมื่อปี พ.ศ. 2552